Ve věstníku Ministerstva životního prostředí (částka 2, únor 2014) vyšel metodický pokyn ke schvalování provozu bioplynových stanic a stanovování závazných podmínek provozu z hlediska ochrany životního prostředí.
Hlavním účelem tohoto metodického pokynu je vymezit rámec povolování a schvalování bioplynových stanic před uvedením do provozu a definovat stěžejní podmínky jejich provozu z hlediska ochrany životního prostředí.
Činnost bioplynových stanic se dotýká životního prostředí v lokalitách, kde jsou provozovány. V zařízeních dochází k manipulaci se zpracovávanými surovinami/odpady, následně s digestátem, případně odpadními vodami. Z hlediska ochrany životního prostředí může mít provoz bioplynové stanice vliv na ovzduší z hlediska emisí znečišťujících látek a zápachu, může být zdrojem hluku, ovlivňovat kvalitu povrchových a podzemních vod, kvalitu půd a vzhled krajiny. V bioplynové stanici může být nakládáno s materiály (vedlejšími produkty živočišného původu), které vyžadují speciální postupy (hygienizaci).
Provozovatel bioplynové stanice (zpracovávající biologicky rozložitelné odpady) je povinen provozovat toto zařízení se souhlasem k provozování zařízení podle § 14 odst. 1 zákona č. 185/2001 Sb., o odpadech. Při udělení souhlasu k provozování zařízení k využívání biologicky rozložitelných odpadů, ve kterém se zpracovávají vedlejší živočišné produkty, se doporučuje, aby byl krajský úřad vázán závazným stanoviskem krajské veterinární správy. Ve správním řízení předcházejícím vydání tohoto rozhodnutí musí krajský úřad posoudit všechna zařízení, která s těmito činnostmi souvisejí.
Při posuzování záměru z hlediska vlivů na životní prostředí doporučuje v pokynu ministerstvo zvolit raději provést podrobnější hodnocení záměru zpracováním dokumentace dle přílohy č. 4 k zákonu o posuzování vlivů na ŽP9 a posudku, s následným vydáním stanoviska EIA, což by mělo zajistit zodpovědné a maximálně objektivní posouzení vlivů celého záměru na životní prostředí.
Součástí metodického pokynu je popis základních požadavků legislativy ochrany životního prostředí, otázky integrované prevence a omezování znečištění, řeší se zde také umístění BPS v území, požadavky na projektovou dokumentaci, technologii a provoz BPS.