Zneškodnění RAO spočívá v zajištění jejich úplné izolace od biosféry. Samovolným rozpadem postupně klesá jejich radioaktivita a tyto odpady již nepředstavují riziko.
U nízko a středně aktivních odpadů je nutná jejich izolace od biosféry po dobu tři sta, maximálně pět set let. Díky tomu je možné je ukládat v povrchových nebo přípovrchových úložištích, jakými jsou i úložiště Dukovany, Richard a Bratrství. Před uložením se kapalné odpady koncentrují a zpevňují, pevné se lisují. Všechny se pak uzavírají do bezpečného obalu.
Vyhořelé jaderné palivo nebo jiné vysoce aktivní odpady je však třeba izolovat od životního prostředí po dobu nesrovnatelně delší, než umožňuje izolace v povrchových úložištích, řádově jde až o desetitisíce let. Proto se plánuje jejich uložení, a tedy vlastně zneškodnění v hlubinném úložišti. Vyhořelé jaderné palivo, které již dnes vzniká, je až do doby svého zneškodnění skladováno v tzv. meziskladu v jaderné elektrárně Dukovany. Hlubinné úložiště doporučuje jako nejvhodnější variantu Koncepce nakládaní s radioaktivními odpady a vyhořelým jaderným palivem (usnesení vlády č. 487 ze dne 15. 5. 2002).
Příprava hlubinného úložiště v ČR byla zahájena již v roce 1990. Na základě hodnocení archivních geologických informací bylo v minulosti doporučeno osm lokalit. V současnosti se provádí ověření těchto lokalit a opětovné hodnocení území ČR na základě předem definovaných požadavků. K zúžení výběru na tři až čtyři lokality by mělo dojít v roce 2007.
V září provedla Správa úložišť radioaktivních odpadů letecký geologický průzkum šesti vybraných lokalit. Jedná se o tyto lokality: Lubenec-Blatno (Ústecký kraj), Budišov (Vysočina), Pačejov (Plzeňský kraj), Rohozná (Vysočina), Pluhův Žďár-Lodhéřov (Jihočeský kraj) a Božejovice-Vlksice (Jihočeský kraj).
Geofyzikální metoda velmi dlouhých vln zde umožňuje detekci případných (větších) geologických poruch v žulových masivech. Oproti vrtům má tato orientační metoda velké výhody. Je poměrně levná, rychlá, lépe akceptovaná obyvatelstvem a nemůže poškodit zkoumaný masív. Tipování možných lokalit naráží na silný a jednoznačný odpor veřejnosti v dotčených místech.
